سیدمحمود مرعشى و همسرش در نجف در خانهاى ساده اما در کمال صفا و محبت روزگار مىگذرانیدند. آنان در بینالطلوعین روز پنجشنبه 20 صفر 1315هجری قمری در موجى از شادى و شعف قرار گرفتند؛ درخت امیدشان در باغ آرزو به بار نشست؛ بهار زندگى آن زوج جوان رونقى شکوهمند یافت و آن آشیانه محقر زینتى دیگر به خود گرفت. نوزادی که در ۲۷ سالگی به اجتهاد رسید.
آیت‌الله مرعشی در ۲۱ محرم سال ۱۳۴۲قمری از نجف به ایران مهاجرت کرد و در ۶ صفر همین سال وارد کرمانشاه شده از آن‌جا به همدان، زنجان و تبریز رفت و با ارحام‌اش دیدار کرد. آیت‌الله مرعشی با رحلت آیات سه‌گانه، صدر، حجت و خوانساری به عنوان یکی از مراجع تقلید شناخته شد و نخستین رساله‌های عملیه‌اش در سال‌های ۱۳۶۶ تا ۱۳۷۳ قمری انتشار یافتند. پس از رحلت آیت‌الله بروجردی آیت‌الله سید شهاب‌الدین مرعشی نجفی به عنوان یکی از مراجع طراز اول مطرح شد. آیت‌الله مرعشی نجفی، کتابخانه‌ای را تأسیس کردند که امروزه از لحاظ تعداد و کیفیت نسخه‌های خطی کهن اسلامی، نخستین کتابخانه ایران و سومین کتابخانه جهان اسلام به شمار می‌رود. تأسیس مدرسه‌های «مرعشیه»، «شهابیه»، «مهدیه» و «مؤمنیه» نیز از اقدامات ایشان است. او برای نوشتن برخی کتاب‌های خود به کشورهای مختلفی سفر کرد و با دانشمندان ادیان مختلف به گفتگو نشست. آیت‌الله مرعشی را بنا به وصیت خودش، در کتابخانه‌اش ـ واقع در خیابان ارم قم ـ دفن کردند.
آیت‌الله مرعشی، برای انجام سفر حج، مستطیع نشد و به درخواست گروهی از تاجران مبنی بر تأمین هزینه حج‌اش پاسخ منفی داد. مرعشی در پاسخ به شخصی که از او پرسید: با وجود این که وجوهاتی در اختیارتان می‌باشد و مبالغی از آن را به طلا ب و فقرا و دیگران می‌دهید، چطور برای حج واجب مستطیع نمی‌باشید؟ گفت: این پول‌ها مال من نیست؛ سهم امام و سادات است، کفاره روزه و مانند آن است و هرکدام باید جای خودش مصرف شود. زمانی به حج می‌روم که از دسترنج خودم پولی به دست آورده باشم. بعد از وفاتش بیش از صد حج به نیابت‌اش انجام گرفت.